מכון בן-צבי הוא מכון המחקר הוותיק בעולם העוסק ביהודי ספרד ויהודי ארצות האסלאם.
המכון עורך כינוסים וימי עיון ומוציא לאור ספרים וכתבי-עת העוסקים בתולדות יהודי המזרח, בספרותם וביצירותיהם.
יצחק בן-צבי, לימים הנשיא השני של מדינת ישראל, הקים את המכון לחקר קהילות ישראל במזרח בשנת 1947. מכון בן-צבי הוא חלק מן האוניברסיטה העברית בירושלים, והוא שותף ליד יצחק בן-צבי.